Uno degli effetti dell'assunzione di  prebiotici è il miglioramento dell'attività defecatoria. Quando i carboidrati prebiotici diventano disponibili per i batteri intestinali, vengono utilizzati e aumentano molto il numero ed eventualmente il volume di tali batteri.

I prebiotici, fermentati completamente inducono una formazione di massa fecale (bulking effect) di 1,5 e 2 g di feci per grammo di prebiotico usato. Inoltre gli SCFA prodotti dalla fermentazione stimolano la peristalsi intestinale. Si ha così un rimedio per la stipsi cronica.

Appena il prebiotico arriva nel colon, modifica la composizione della flora intestinale e influenza l'attività metabolica intestinale. In tal modo la flora migliorata può anche resistere meglio all'infezione di patogeni. Molti lavori clinici hanno riportato i miglioramenti di infezioni a livello della massa fecale, del transito intestinale e ridotto rischio di infezioni tramite l'uso di prebiotici.

Altra azione importante svolta dai prebiotici è quella di migliorare notevolmente l'assorbimento di minerali dai cibi. È da notare però che viene migliorato l'assorbimento di Ca e Mg, Fc e Zu, ma non dei metalli pesanti. Tale azione consente un'aumentata densità ossea. I prebiotici però non svolgono tale azione con la stessa efficacia per ogni minerale; infatti mentre quelli con formule più piccole (FOS) agiscono meglio sull'assorbimento del Mg, quelle a più lunga catena (inulina) agiscono meglio sul Ca. Tale osservazione ha portato all'ipotesi che i FOS migliorano la flora nella prima parte del colon (ascendente) mentre l'inulina nelle altre (traverso e discendente). Tra i vari meccanismi d'azione proposti si pensa che l'uso dei prebiotici acidifica il contenuto intestinale solubilizzando i minerali; a questo si aggiunge l'azione del butirrato (prodotto dal probiotico) che essendo apportatore di energie alle cellule dell'epitelio permette un miglior assorbimento di minerali da parte della mucosa.